Организационно-территориальную структура СС была заимстввована у Са и, в целом, повторяла ее. Низшей ячейкой был "шар" (Scharen) - 8 человек под командованием шарфюрера. Три "шар" составляли "труппе" (Truppe), три "труппе" - штурм (Sturme), от 70 до 120 человек, во главе с оберштурмфюрером. Три "штурме" составляли "штурмбанн" (Sturmbanne), от 250 до 600 человек, под командованием штурмбаннфюрера. Три или четыре "штурмбанне" образовывали "штандарт" (Standarte), от 1000 до 3000 человек, во главе с штандартенфюрером.
Три штандарта СС составляли абшнит СС (нем. der SS-Abschnitt) (до 1932 носил название унтергруппы CC (нем. die SS-Untergruppe). Всего было создано сорок пять абшнитов СС (обозначались римскими цифрами от I до ХХХХV). В состав штаба абшнита СС входили командир, начальник штаба, личный референт командира и адъютант, референты по профессиональной подготовке, по организационным вопросам, по социальному обеспечению, по связям с прессой, по противовоздушной и химической защите, по спорту, юрисконсульт, следователь, управляющий хозяйством.
В 1928 все штандарты СС были распределены между шестью областями — гау СС (нем. das SS-Gau):
1929 - 1930 гг. штандарты СС были включены в бригады СС, которые были распределены между специально созданными тремя высшими руководящими районами СС (нем. SS-Oberfuehrerbereiche):
Во главе бригады СС стоял бригадефюрер СС.
В 1932 г. деление на бригады СС было упразднено, в результате несколько "абшнитте" формируют "оберабшнитте" (Oberabschnitte), под командованием обергруппенфюрера, группенфюрера или бригадефюрера.
Первые "Оберабшнитте" были сформированы в 1932 г. К 1944 г. число территориальных отделений СС достигло 17, практически совпадавшим по своим границам с военными округами. "Оберабшнитте" носили географические название, вместе с тем каждому присваивалась римская цифра, совпадавшая с номером военного округа. Кроме того, было сформировано шесть отделений на оккупированных территориях.
При каждом "оберабшнитте" был сформирован один штурмбанн связи (Nachrichtensturmbann) отвечавший за связь на территории региона. Всего было сформировано девятнадцать штумбаннов. Они нумеровались арабскими цифрами от 1 до 19 с префиксом "Na.".
Также на территории "оберабшнитте" было сформировано шестнадцать саперных штурмбаннов (Pioniersturmbann), в задачу которых входило ремонт дорог и мостов, газо- и водопроводов, а также электрической сети. Каждый саперный штурмбанн имел номер от 1 до 16 с префиксом "Pi.".
Также на территории "оберабшнитте" были сформированы авто-механизированные штурмы ( Kraftfahrstürme). Они состояли из взводов (Staffeln), которые выделялись каждому "абшнитте". Они отвечали за автомобильный транспорт персонала СС. Также в подчинении каждого командующего "оберабшнитте" находилось подразделение мотоциклистов, для курьерских доставок. Авто-механизированные штурмы были пронумерованы от 1 до 19 с префиксом "К.".
Кроме регулярных, резервных и специализированных частей СС в составе каждого территориального отделения имелись независимый Stammabteilung или независимый резервный штурмбанн, в котором служили эсэсовцы, чей возраст превысил 45 лет, а также молодые люди, чьи служебные обязанности (государственные или партийные) не позволяли перейти им на казарменное положение. В составе Stammabteilung некоторое время служили и офицеры полиции, переведенные в СС. Каждый Stammabteilung носил название своего территориального отделения и подразделялся на несколько Bezirke. Bezirk действовал совместно с полком СС и носил номер последнего.
"Abschnitte" имели собственный римский номер. Кроме того, они могли носить географические названия, обычно по месту дислокации штаба (так I "абшнитте" носил наименование Мюнхен, II - Дрезден и т.д).
"Штандарт" (полк) был основной единицей СС. Каждому полку присваивался номер от 1 до 126 .Кроме пехотных полков (Fuss - Standarte), в состав СС входило двадцать два кавалерийских полка - Reiterstandarte. В каждом полку было пять - восемь Reitersturme (кавалерийских рот), Sanitatsreiterstaffel (медицинская кавалерийская секция) и Trompeterkorps (отряд трубачей). Части кавалерийских полков почти все время были распределены между небольшими городками на территории округа. Кавалеристы всегда участвовали в парадах, изредка пехотные полки СС и полиция привлекала их для охраны правопорядка. Каждому кавалерийскому полку был присвоен номер от 1 до 22, каждый номер имел префикс "R", чтобы можно было отличить кавалерию от пехоты. После начала войны большинство кавалеристов СС оказалось в вермахте или SS - Totenkopfreistandarten - боевой кавалерийский полк СС. В 1941 - полк вошел в состав кавалерийской бригады СС, а в 1942 бригада была развернута в кавалерийскую дивизию СС "Флориан Гейер".
Каждый "штандарт" состоял из трех линейных "штурмбаннов", одного "резервного "штурмбанна" и оркестра. "Штурмбанне" полка получали римскую цифру от I до III. Резервный "штурмбанне" обозначался аббревиатурой Res.
Каждый линейный "штурмбанн" состоял из трех "штурме", медицинского взвода (Sanitatsstaffel) и походного оркестра (Spielmannzug).
В распоряжении Главного управления СС находился также рентгеновский батальон (Röntgensturmbann SS - HA), проводивший регулярное рентгеновское обследование личного состава СС. Батальон располагал передвижной рентгеновской лабораторией. Это была единственная часть СС, которую во время эпидемии мог вызвать на подмогу любой гауляйтер. Во время войны рентгеновский батальон присоединился к медицинской службе Войск СС.
Во время войны возникло SS Helferinnen (женское отделение СС). Женщины должны были заменить мужчин в тылу. Набор в SS Helferinnen осуществлялся на добровольной основе, кандидатки проходили медкомиссию и проверку происхождения. Эсэсовки обучались на телеграфисток, телефонисток, радисток и служили при штабах как на территории Рейха, так и за ее пределами.
Также был учрежден статус Fordernde Mitglieder или члена общества поддержки. Любой немец "арийского" происхождения мог вступить в это общество. Члены платили ежемесячные взносы, а за это получали значок, расчетную книжку и хорошее отношение со стороны СС. К 1943 численность общества друзей СС достигло 1 000 000 человек.
