Перед началом военных действий находилась в Кракове, затем выдвинулась в район Львова и Стрия и вместе с передовыми частями начала продвижение в глубь Украины.

Начальниками органа последовательно были: бригадефюрер СС и генерал-майор полиции, доктор Отто Раш, с ноября 1941 г. - бригадефюрер СС и генерал-майор полиции доктор Макс Томас, одновременно возглавлявший полицию безопасности и СД Украины.

После захвата Киева в украинскую столицу прибыл штаб зондеркоманды 4А. После этого началось создание широкой агентурной сети из местных жителей. В контрразведывательной работе был задействован ряд оккупационных организаций. Так, при немецком комиссаре г. Киева под вывеской управления кадров "Персональамт" был создан замаскированный орган контрразведки во главе с местным жителем, немцем по национальности Боссом Артуром. Орган размещался в одном здании с городской управой и был известен среди киевлян как отдел кадров управы, занимающийся учетом и распределением рабочей силы по киевским предприятиям. В действительности, эта организация вела агентурную контрразведку, следствие по делам арестованных. Часть арестантов и наиболее заинтересовавших разведку лиц передавали в полицию безопасности и СД.

"Персональамт" состоял из двух секторов — секретного и агентурно-информационного. Секретный сектор проводил негласную проверку рабочих и служащих через руководство учреждений и предприятий, вел специальную картотеку с их характеристиками. Агентурно-информационный сектор состоял из агентурно-оперативной команды, следственной группы и особой группы, занимавшейся установлением лиц и организацией наружного наблюдения.

Командой уничтожены свыше 118 000 человек.

Зондеркоманда 4А. Была придана 6-й армии. Начальниками органа последовательно были штандартенфюрер Пауль Блобель (1941-1942 гг.), штурмбанфюреры СС доктор Эрвин Вейнман (1942 г.), Ойген Штеймле (1942-1943 гг.), Фридрих Шмидт (1943 г.), Теодор Христенсен (1943 г.).

В октябре - ноябре 1941 г. зондеркоманда находилась в Киеве, в декабре выбыла в Харьков. В 1942 г. отряды команды действовали в Фатеже, Миллерове, Новом Осколе. Основная часть органа прибыла в июне 1942 г. в г. Волчанск, где устроила массовое истребление граждан. В июле выбыла в Курск и Короч, затем в Воронеж. В октябре 1942 г. команда вернулась в Курск, где пробыла до 1943 г. Отсюда отряды команды высылались в Фатеж, Новый Оскол, Миллерово, Россошь.

В феврале 1943 г. команда выехала в Киев, оттуда направилась в Чернигов для проведения карательных акций против партизан.

Личный состав команды организовывал и принимал участие в массовом уничтожении жителей Киева в Бабьем Яре. Их жертвами стали свыше 33 000 человек.

Зондеркоманда 4Б. Зондеркоманду 4Б последовательно возглавляли штурмбанфюреры СС Гюнтер Герман (1941г.), Фриц Брауне (1941-1942 гг.), Вальтер Хенш (1942 г.), Август Майер (1942 г.), Фридрих Зур (1942-1943 гг.), Вольдемар Краузе (1943-1945 гг.). Командой уничтожено свыше 6000 человек.

Айнзатцкоманда 5. Последовательно возглавляли оберфюрер СС Эрвин Шульц (1941 г.) и штурмбанфюрер СС Август Майер (1941-1942 гг.).

Командой уничтожено свыше 46 000 человек.

Айнзатцкоманда 6. Действовала в тыловых районах немецкой армии. Начальниками команды последовательно были штурмбанфюреры СС доктор Эрхард Крогер (1941 г.), Роберт Мор (1941-1942 гг.), Эрнст Биберштейн (1942 г.), Зур (1942-1943 гг.).

В ноябре 1941 г. команда размещалась в Днепропетровске, с декабря 1941 до лета 1942 г. - в Сталино. В июле - августе 1942 г. оперировала в Таганроге, откуда выбыла в Ростов-на-Дону, сменив там зондеркоманду 10А айнзатцгруппы "Д" и приняв на связь ее агентуру.

В этот период айнзатцкоманде подчинялась русская вспомогательная полиция, которая занималась выявлением коммунистов, комсомольцев и евреев, ежедневно представляя сведения. Следствие по делам арестованных велось в городской тюрьме специальной группой следователей: Бляшке, Краузе и Янсен. Они же контролировали русскую вспомогательную полицию и использовали ее оперативный состав для проведения массовых арестов и следствия.

В начале сентября 1942 г. айнзатцкомандой была создана в Ростове-на-Дону школа подготовки агентов для последующей работы на оккупированной территории. Первоначально школа размещалась в бывшем здании управления милиции Ростовской области. У входа в здание висела вывеска "СД 7 Ц 6".

В своем распоряжении команда имела около тридцати солдат СС для охраны помещений органа и проведения карательных операции по области.

Обслуживающий персонал органа состоял из коллаборационистов, из которых несколько человек были немцами-колонистами.