Была придана группе армий "Север" и начала свое продвижение в глубь советской территории из Кенигсберга, оперировала на территории прибалтийских республик, Псковской, Новгородской и Ленинградской областей. Передовые отряды айнзатцгруппы продвинулись до предместий Ленинграда и вступили в Тихвин, Новгород, Чудово. Штаб группы с ноября 1941 г. размещался в г. Красногвардейске (Гатчина) под Ленинградом.

Начальником айнзатцгруппы А последовательно были: штандартенфюрер, доктор юриспруденции Вальтер Штальэккер  (1941 - 1942 гг.), бригадефюрер и генерал-майор полиции Гейнц Йост  (1942 г.), оберфюреры СС: доктор юриспруденции Гумберт Пифрадер  (1942-1943 гг.), Фридрих Панцингер (1943 - 1944 гг.), полковник полиции Вильгельм Фукс (1944 г.).

Группа вела контрразведывательную работу, разведку и проводила карательные операции. Совместно с коллаборационистами группой были организованы массовые облавы и проверки местного населения оккупированных районов. При проведении арестов неблагонадежные с точки зрения оккупантов лица направлялись в специальные лагеря для гражданского населения или в лагеря военнопленных, представители советского и партийного актива расстреливались. По состоянию на 15 октября 1941 г. айнзатцгруппой было расстреляно 135 000 человек. Группа развернула активную агентурную контрразведывательную работу в тылах 16-й и 18-й армий и принимала участие в карательных операциях против партизан.

Контрразведкой занимались группы, состоящие из одного офицера, двух-трех унтер-офицеров, нескольких солдат-резервистов СС и нескольких переводчиков из числа местных пособников.

Помимо контрразведки команда и ее группы вели активную зафронтовую разведку против Ленинграда с целью получения данных о положении в городе, опрашивали военнопленных — жителей Ленинграда, вели заброску в город тщательно подготовленной агентуры. При подборе агентов предпочтение отдавалось лицам, хорошо знавшим город и его окрестности, имевшим там близких знакомых и родственников. Помимо добывания информации агенты должны были вербовать жителей Ленинграда и приобретать конспиративные квартиры. Наиболее проверенным агентам немцы давали адреса своих доверенных лиц и снабжали рекомендательными письмами к проживавшим родственникам пособников. Добытые разведматериалы, относящиеся к промышленности и военным объектам, группа немедленно передавала командованию артиллерии 18-й немецкой армии, или командованию соответствующих корпусов или командующему 1-м воздушным флотом.

Агентура вела сбор сведений о местах дислокации наиболее важных учреждений, вела списки партийного, советского, военного руководства. Для проведения предстоящих арестов в городе при группе были созданы из коллаборационистов — уроженцев города — зондеркоманда "Айнзатц Ленинград" и так называемая "Русская учебная команда", которые после захвата должны была нести охрану важных объектов и принимать участие в операциях полиции безопасности и СД.

В подчинении Айнзатцгруппы А находились зондеркоманды 1А и 1Б и айнзатцкоманды 2 и 3.

Айнзатцкоманда 2. Оперировала в тылу группы армий "Север". Начальниками последовательно были: штурмбанфюрер Рудольф Баатц  (1941 г.), оберштурмбанфюреры СС: доктор юриспруденции Эдуард Штраух  (1941 г.), доктор юриспруденции Рудольф Ланге (1941 - 1944 гг.), штурмбанфюреры СС Манфред Пехау (1942 г.), Рейнхард Бредер (1942 - 1943 гг.),  Освальд Поше (1943 - 1944 гг.). Основная оперативная работа была развернута на территории Латвии. Подразделения команды размещались в Лиепае, Риге, Шауляе и Либаве. В конце 1941 г. команда была реорганизована и разделена на территориальные команды полиции безопасности и СД генерального округа "Латвия".

Айнзатцкоманда 3. Действовала на оккупированной территории Литвы и Белоруссии. Подразделения команды располагались в Даугавпилсе, Вильнюсе, Каунасе, Барановичах и Минске. Начальниками органа последовательно были: штурмбанфюреры СС Карл Егер (1941 - 1943 гг.), доктор Вильгельм Фукс (1943 - 1944 гг.), Ганс-Иоахим Беме (1944 г.). В декабре 1941 г. команда была переформирована в территориальные органы полиции безопасности и СД генеральных округов "Литва" и "Белоруссия". Айнзатцкомандой уничтожено свыше 137 000 человек.

Зондеркоманда 1А. В 1942 - 1943 гг. размещалась в г. Красногвардейске Ленинградской области, подразделения — в Красном Селе, Тосно. Разведывательные команды — в с. Ищеры, Любани, Мге, Пушкине, Павловске, Саблино, Жестяной Горке, Волосове и других.

Начальниками последовательно были: штурмбанфюреры СС доктор Зандбергер Мартин (1941 - 1943 гг.) и Бернгард Баатц (1943 - 1944 гг.).

Зондеркоманда 1Б. В 1942 г. дислоцировалась в Старой Руссе, затем с сентября 1942 г. в пос. Локня в 60 км от Великих Лук. Осенью 1942 г. переименована в оперкоманду 2а и переведена в г. Порхов. Начальник команды — доктор юриспруденции штурмбанфюрер СС Герман Хубиг (1942 г.).

Оперативная команда 1Ц. Дислоцировалась в Гатчине, Красногвардейске и Натальевке. Начальник — штурмбанфюрер СС Курт Грааф (1942 г.). Вела усиленную подготовку к вступлению в Ленинград и имела при себе "Русскую учебную команду". Штаб команды имел планы Ленинграда с отметками наиболее важных объектов города. В конце 1942 г. команда была расформирована.

Айнзатцкоманда "Тильзит: в 1941 г. действовала в районе Тильзита. Начальник - штурмбанфюрер СС Ганс Иоахим Беме.